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一、党政管理机构

1、 办公室

2、 组织部（统战部）、机关党委（合署）

3、 宣传部（教师工作部）

4、 纪检监察室

5、 发展规划处

6、 人事处（人才办）

7、 学生工作部（学生处、人武部）

8、 学科建设与研究生管理处

9、 教务处

10、科研处

11、计划财务处

12、审计处

13、公共事务与校园建设处

              14、国际交流合作处（港澳台事务办公室）

15、招生就业处

16、实验室与资产管理处

17、安全保卫部

18、南浔校区管理办公室

二、群团组织

1、工  会、妇  联（合署）

2、团  委

三、教学机构

1、水利工程学院

2、环境科学与工程学院

3、建筑工程学院

4、测绘科学与技术学院

5、机械工程学院

6、电气工程学院

7、经济与管理学院

8、计算机科学与技术学院

9、人文与外国语学院

10、马克思主义学院

11、体育教学部

12、继续教育学院（浙江河（湖）长学院）

13、创新创业学院

四、教辅机构

1、图书馆（档案馆）

2、信息技术中心

3、后勤服务中心

4、社会合作与校友工作办公室

5、教师教学发展中心

6、采购中心

五、科研机构

1、水科学研究院

2、南浔创新研究院

3、浙江水文化研究院

4、浙江水利与海洋工程研究院